Villefontaine possède plusieurs sites naturels protégés (ENS, ZNIEFF …). Parmi ces sites, on trouve au Nord Est du territoire la Bourbre. Ce cours d’eau est très intéressant historiquement pour comprendre le paysage et la vie d’autrefois, dans un marais, avec beaucoup de différences avec celle d’aujourd’hui, rien que par l’assèchement du marécage.
Le service régional de l’archéologie a recensé sept sites archéologiques, parmi lesquels le Vellein (avec sa maison forte médiévale et moderne), le village (site romain avec des vestiges d’habitat agricole dispersés sur les pentes Nord de l’église), le Ginet (ensemble d’habitats gallo-romains), le Layet (avec une maison forte médiévale détruite en 1980, peut-être à l’emplacement d’un prieuré carolingien), le Lémand (avec des vestiges romains et du Haut Moyen Age), le Clos Mursiat (une nécropole romaine et du Haut Moyen Age) et le Pont (un site gallo-romain). Ces sites ne sont pas exploités actuellement et on ne trouve sur place aucun panneau explicatif.
Par quartiers, voici ce qu’on peut voir à Villefontaine :