Plusieurs notices et articles de journaux nous renseignent sur des découvertes fortuites archéologiques des années 70 aux années 90 lors de différents aménagements (assainissements, terrassements pour la ville nouvelle et/ou construction de bâtiment).
Grâce à la vigilance d’amateurs archéologues, comme Hugues Chatain et ceux de l’association APPAS (30 communes, active dans les 70’ avec la construction de la Ville Nouvelle, créée en 1971 par Jean Chauffin et Robert Blanc-Marrel), ces découvertes ont pu être enregistrées.
Ainsi des vestiges d’habitat gallo-romain sont signalés au village :
- Au nord de l’église, sur les pentes, on repère des traces d’habitat dispersé gallo-romain grâce à des fragments de tegulae.
- A l’arrière de l’ancienne mairie, au nord sont retrouvés deux tombes dont une sous des tegulae,
- au sud d’importants vestiges d’habitats : des tubes d’hypocauste (système de chauffage par le sol utilisé par les romains notamment dans les thermes et les bains), des plaquettes de marbre, des traces d’enduits peints, un fragment d’une colonnette en marbre et sculptée, de très nombreux tessons de poteries, dont de la vaisselle de luxe, des fragments d’amphores, des ossements d’animaux domestiques (bœuf, porc …).
- Sur l’avenue du Driève, à proximité de l’ancien bâtiment de formation de France Télécom, on trouve des fondations maçonnées, des canalisations, des poteries en bon état. Ce seraient des vestiges du IIe siècle d’une ou plusieurs demeures. Une des poteries retrouvées est un fragment d’amphore avec estampille sur l’anse. Cela nous permet de savoir qu’elle a été faite par un potier d’Espagne du sud.
Aucun vestige gaulois ne fut découvert sur la commune de Villefontaine jusqu’à aujourd’hui. Ce qui n’exclut pas la présence du peuple Allobroges dans le secteur.
Les indices de l’occupation gallo-romain que nous venons d’exposer et l’emplacement de notre commune actuelle (encadré par deux voies romaines, une au sud et l’autre au niveau de la Verpillière), les habitants de l’époque appartenaient à l’arrière-pays de deux grandes cités romaines : Lugdunum et Vienna. À proximité du village devait s’élever des villae, classiquement composées par la pars rustica (zone de la villa dédiée à l’exploitation agricole et l’élevage) et par la pars urbana. Cette dernière, la partie habitée, présente une certaine richesse de la part de ces propriétaires au vue de la présence de la colonnette, des éléments de marbres et des probables termes.
Le peu de vestiges découverts peut s’expliquer par leurs destructions récentes (aménagements, labours, etc.) mais aussi par des ré-emplois anciens : les bâtiments médiévaux étaient construits avec les éléments sur place et notamment les ruines romaines.
Or, des vestiges de l’époque médiévale existent sur la commune, comme l’ancienne maison forte du Layet.
On découvre en 1978, sur la place du 11 novembre 1918 des sépultures en pleine terre postérieures à l’époque mérovingienne.